Light qui fini par tuer L pense que ses problèmes sont terminés. Quatre ans plus tard. Light qui est devenue le "deuxième L" et qui continue à agir en tant que Kira, approche du monde idéal dont il rêve. Mais aux Etats-Unis, les deux protégés de L sont entrés en action. L'un d'eux, Near, met sur pied le S.P.K qui est une cellule qui a pour but de capturer Kira. L'autre garçon , Mello, Qui est entré dans la Mafia, Enlève Sayu (le soeur de Light) afin d'obtenir le cahier en echange de la libération de la jeune fille.
Pour sauver sa fille, Soichirô Yagami (le père de Light) et une partie des membres de son équipe se rendent en Amérique, où l'échange à lieu. Near, qui est dejà entré en contact avec "le deuxième L", dénigre d'abord les methodes de de l'équipe japonnaise.
Mais après l'assassinat de la plupart des membres du S.P.K. par Mello, Near décide de procéder à un échange d'information avec le bureau d'enquête japonais. Light apprend ainsi que Near et Mello sont les successeurs choisis pour succéder à L.
Tandis que les recherches sur Mello piétinent, ce dernier menace le bureau d'enquête japonais, et même le president Américain. Celui ci s'adresse à Light, alias L, pour lui demander de l'aide. Light met alors sur pied un commando qui a pour objectif d'attaquer le repaire de Mello et de récuperer le cahier. Mais Sidoh , le dieu de la mort attaché à ce cahier vient en aide à Mello et anéantit les membres du comando. L'opération de Light se solde dont par un echec. ce dernier et alors pris dans une course contre la montre parce qu'il doit eviter que Mello ne découvre qu'il a inscrit une fausse règle dans le cahier ....